尚未完全闡明，一般認為和病毒感染有關。證據(jù)有：發(fā)病前患者常有上呼吸道感染史，發(fā)病常隨季節(jié)變動、且具有一定的流行性。
患者血中有病毒抗體存在（抗體的效價高度和病期相一致），最常見的是柯薩奇病毒抗體，其次是腺病毒抗體、流感病毒抗體、腮腺炎病毒抗體等。雖然已有報告，從亞急性甲狀腺炎患者的甲狀腺組織中分離出腮腺炎病毒，但亞急性甲狀腺炎的原因是病毒的確實證據(jù)尚未找到醫(yī)`學教育網(wǎng)搜集整理。
另外，中國人，日本人的亞急性甲狀腺炎與HLA-Bw35有關連，提示對病毒的易感染性具有遺傳因素，但也有患者與上述HLA-Bw35無關。
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